Ban Chỉ đạo do Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Phạm Bình Minh làm Trưởng ban. Ban Chỉ đạo Trung ương có 5 Phó Trưởng ban gồm: Ông Nguyễn Chí Dũng- Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư; ông Hầu A Lềnh- Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc; ông Đào Ngọc Dung- Bộ trưởng Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội; ông Lê Minh Hoan- Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; ông Trần Văn Sơn- Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ.
Ủy viên Ban Chỉ đạo Trung ương là lãnh đạo các Bộ, ban, ngành liên quan. Đồng thời, mời lãnh đạo Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam; Ban Chấp hành Trung ương Hội Nông dân Việt Nam làm ủy viên.
Ban Chỉ đạo Trung ương có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc liên quan đến quản lý và tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2021 - 2025. Đồng thời, có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ ban hành cơ chế, chính sách để thực hiện hiệu quả các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2021-2025; giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối hoạt động giữa các bộ, ngành, cơ quan trung ương và địa phương trong quá trình tổ chức, triển khai thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2021-2025. Giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành, cơ quan trung ương và địa phương xây dựng, hoàn thiện cơ chế, chính sách và tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2021-2025; theo dõi, đôn đốc, đánh giá, sơ kết, tổng kết việc thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2021-2025.
Ngoài ra, thành lập Tổ công tác về Chương trình mục tiêu quốc gia phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021-2030. Tổ trưởng Tổ công tác là Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc;
Tổ công tác về Chương trình mục tiêu quốc gia về giảm nghèo bền vững giai đoạn 2021-2025. Tổ trưởng Tổ công tác là Bộ trưởng Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội;
Tổ công tác về Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2021-2025. Tổ trưởng Tổ công tác là Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.