Khu vực cửa biển Cửa Đại nằm trên tuyến đường thủy nội địa Hội An - Cù Lao Chàm do Bộ Giao thông vận tải quản lý. Hiện nay, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam đang triển khai nạo vét tuyến luồng đường thủy khu vực cửa biển Cửa Đại theo hướng Đông, với quy mô bề rộng luồng 40m để phục vụ nhu cầu đi lại tạm thời của nhân dân trong vùng, dự kiến việc nạo vét hoàn thành vào cuối năm 2017. Tuy nhiên, vừa qua do ảnh hưởng của hoàn lưu cơn bão số 12, trong đợt lũ từ ngày 04/11 đến ngày 07/11/2017, tuyến luồng đường thủy Cửa Đại bị bồi lấp nghiêm trọng, hiện nay chỉ có các tàu thuyền nhỏ loại 15CV trở xuống hoặc thúng chai mới đi lại được nhưng rất nguy hiểm.

Hiện nay có hơn 1.000 tàu thuyền của ngư dân đang phải nằm bờ, chưa thể đi lại qua cửa biển Cửa Đại để ra khơi trở lại. Sở Giao thông vận tải đang khảo sát để bố trí phao phân luồng giao thông trên tuyến, hướng dẫn tàu thuyền nhỏ đi lại và bố trí 01 tàu 150CV và 01 xuồng cao tốc 55CV thường trực tại khu vực Cửa Đại để cảnh giới, thông báo cho các phương tiện lưu thông qua khu vực.

Để kịp thời phục vụ tàu thuyền của nhân dân đi lại, UBND tỉnh kiến nghị Bộ Giao thông vận tải và Cục Đường thủy nội địa Việt Nam quan tâm chỉ đạo triển khai nạo vét kịp thời tuyến luồng đường thủy Cửa Đại bị bồi lấp. Đồng thời, để đảm bảo tính ổn định lâu dài tuyến luồng đường thủy khu vực cửa biển Cửa Đại, đề nghị Cục Đường thủy nội địa Việt Nam chủ trì, phối hợp với UBND thành phố Hội An và các ngành liên quan của tỉnh tổ chức khảo sát hiện trường để thống nhất về giải pháp tổng thể và hướng tuyến nạo vét luồng đường thủy khu vực Cửa Đại, làm cơ sở nghiên cứu, xúc tiến các nguồn vốn đầu tư theo hình thức xã hội hóa và các nguồn vốn khác để thực hiện, đảm bảo ổn định lâu dài giao thông tuyến luồng và góp phần chống sạt lở bờ biển.