Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam là đơn vị sự nghiệp công lập, chịu sự chỉ đạo và quản lý toàn diện của Sở Lao động - Thương binh và Xã hội; có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản theo quy định của pháp luật. Trụ sở của Trung tâm đóng tại thành phố Hội An.

Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Trung tâm thực hiện theo đúng quy định hiện hành của Nhà nước. Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ được giao và Đề án xác định vị trí việc làm của Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam được phê duyệt, Giám đốc Sở Lao động - Thương binh và Xã hội phân bổ biên chế, số lượng người làm việc đối với Trung tâm trong tổng số biên chế, số lượng người làm việc được cấp có thẩm quyền giao cho Sở.