Để đến năm 2020 đạt được mục tiêu 15.000 hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nông nghiệp có hiệu quả, Đề án đặt mục tiêu cần phải tập trung thực hiện duy trì, củng cố, nâng cao hiệu quả hoạt động của khoảng 4.400 hợp tác xã nông nghiệp đã được phân loại và đánh giá là có hiệu quả năm 2017; thực hiện việc đẩy mạnh ứng dụng công nghệ cao để có trên 1.500 hợp tác xã ứng dụng công nghệ cao trong lĩnh vực nông nghiệp; nâng cao chất lượng hoạt động của các hợp tác xã nông nghiệp yếu, kém để phấn đấu có trên 5.400 hợp tác xã nông nghiệp hoạt động hiệu quả (trong tổng số hơn 6.400 hợp tác xã nông nghiệp yếu kém hiện nay) và thành lập mới và tạo điều kiện cho 5.200 hợp tác xã nông nghiệp hoạt động có hiệu quả.

Đối với liên hiệp hợp tác xã, Đề án xây dựng các mô hình điểm về liên hiệp hợp tác xã; phấn đấu có trên 50 liên hiệp hợp tác xã hoạt động hiệu quả.

Bên cạnh đó, Đề án cũng sẽ tiến hành củng cố nâng cao hiệu quả các hợp tác xã nông nghiệp. Cụ thể là duy trì, củng cố và nâng cao hiệu quả hoạt động của các hợp tác xã nông nghiệp đã được đánh giá là có hiệu quả; tập trung triển khai các mô hình hợp tác xã ứng dụng công nghệ cao trong sản xuất nông nghiệp; nâng cao chất lượng hoạt động của các hợp tác xã nông nghiệp yếu, kém để đạt tiêu chí có hiệu quả.

Đồng thời, xử lý dứt điểm việc giải thể, chuyển đổi sang loại hình khác đối với các hợp tác xã đã ngừng hoạt động. Năm 2018, giải thể xong các hợp tác xã đã ngừng hoạt động.