Tổng giá trị sản xuất nông - lâm nghiệp đạt 640 tỷ đồng, tăng 1% so với năm 2015. Trong đó, trồng trọt tăng 7%, chăn nuôi tăng 2,4%. Tổng diện tích gieo trồng của huyện là 7.247,5ha, đạt 100% kế hoạch. Tổng sản lượng cả năm đạt 34.744 tấn. Đặc biệt, mô hình IPM cộng đồng thôn, 3 giảm, 3 tăng, cánh đồng mẫu, cánh đồng kỹ thuật được nhân rộng, nâng cao giá trị bình quân thu nhập trên một đơn vị diện tích lên 60triệu đồng/ ha, một số diện tích cho thu nhập từ 100-120 triệu đồng/ ha.

Từ nguồn kinh phí chương trình mục tiêu quốc gia nông thôn mới, năm 2016, Quế Sơn đã hỗ trợ nông dân thực hiện thành công 1 số mô hình cấp 1 hóa giống lúa, liên kết sản xuất lúa giống và khảo nghiệm giống lúa mới năng suất đat 68-70 tạ/ha.

Năm 2017, Quế Sơn đặt mục tiêu sẽ thực hiện dồn điền đổi thửa 50 ha, phấn đấu tổng sản lượng lương thực đạt trên 36 nghìn tấn.