Các khoản lệ phí bị bãi bỏ gồm cấp giấy chứng nhận vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh lệ phí 70.000 đồng/lần; cấp giấy chứng nhận kết quả kiểm nghiệm thuốc thú y, thuốc thú y thủy sản; cấp giấy phép thay đổi nội dung đơn hàng nhập khẩu thuốc thú y, thuốc thú y thủy sản với mức phí 70.000 đồng/lần; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch vận chuyển qua bưu điện, hàng mang theo người (không phụ thuộc số lượng, chủng loại) mức phí 40.000 đồng/lần... Đặc biệt, các loại phí có mức giá hằng trăm nghìn đồng mỗi lần như kiểm tra vệ sinh thú y đối với cơ sở sản xuất giống thủy sản (cao nhất 468.500 đồng); phí kiểm tra thực trạng hàng hoá đối với sản phẩm động vật thuỷ sản (cao nhất 400.000 đồng mỗi lô hàng)…cũng đã được bãi bỏ.

Hiện nay, Bộ Tài chính đang tiếp tục phối hợp với các đơn vị của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn rà soát, xây dựng dự thảo Thông tư thay thế Thông tư số 04/2012/TT-BTC theo hướng bãi bỏ các khoản phí, lệ phí chồng chéo, bất hợp lý.